Клімат перехідний від морського (на заході) до помірно континентального (на сході). Середня температура січня -3 ...- 7 ° С, липня +17 ° С. Випадає від 540 мм (Середньо-литовська низовина) до 930 мм опадів (південно-західні схили Жямайтской височини).
Ліси займають 31% території: переважають соснові, березові і змішані (граб, сосна, ялина, вільха, береза, дуб, осика); ріллі - бл. 50% території, пасовища - 10%. Для охорони дикої природи організовані національні парки: Аукштайтії (озера, річки, ліси), Куршская коса (піщані дюни, соснові ліси, пляжі, лагуна), Дзукиі (ліси вздовж Немана), Тракайському (озера, замки), Жямайтія (ліси, оз . Плателяй), 5 природних заповідників і 394 зони, що охороняються.