Високогірне положення зумовило досить суворий клімат. Це - єдина африканська країна, де є сезон із середніми мінусовими температурами і майже вся територія взимку покривається снігом. Сезонні перепади температур у гірській місцевості північного сходу країни досить значні: від +34 ° С влітку до +16 ° С взимку. Опадів в середньому випадає 730 мм на рік, головним чином у літній сезон.

На території гір Лесото беруть свій початок такі великі річки Південної Африки, як Помаранчева і Каледонія. Всі річки тут надзвичайно порожистим, на них багато мальовничих водоспадів: найбільший - Малецуньяне (183 м). Високогір'я зайняті щодо бідної злакової рослинністю, середньогір'я - багатими альпійськими луками. Передгір'я покриті злаковими степами і невеликими гаями колючих акацій. Під ріллею знаходиться бл. 10% площі країни, під пасовища використовується 2 / 3 території, ліси займають менше 2%.