Клімат континентальний, посушливий, з висотної поясністю. Температури липня в Бішкеку (столиці) +24,5 ° С, січня -5 ° С, опадів випадає ок. 400 мм на рік (з максимумом у квітні). Найбільше опадів випадає на південно-західних схилах навітряних Ферганського хребта (1500-2000 мм), найменше - на сході країни (200-400 мм). У Іссик-Кульської улоговині клімат пом'якшений впливом великої водної маси. Загальна площа заледеніння ок. 8100 кв. км. Найбільший льодовик Киргизії і Тянь-Шаню - Південний Енгільчек площею 567 кв. км - лежить на сході в басейні р.. Сари джаз.
Найбільша ріка - Нарин (616 км) - зливається у Ферганській долині з Карадарьей і утворює Сирдар'ю. Озер в Киргизії більше 2000, з них найбільше - Іссик-Куль (безстічне і слабосоленої) - знаходиться на вис. 1609 м. Його гол. 668 м, пл. 6206 кв. км, вода дуже прозора, майже синього кольору. Унікально періодично зникає льодовикове оз. Мерцбахера на льодовику Енгільчек.
У долинах, нижніх поясах гір і на плоских вершинах хребтів (Сирт) переважають пустелі і напівпустелі (здебільшого полинові, менше - солянкові); на кам'янистих грунтах виростають колючі подушечнікі. Приблизно вище 1200 м вони змінюються степами (переважно ковиловими). Смерекові ліси з тянь-шаньской їли зустрічаються на висотах 1600-3100 м на хребтах Північного і Внутрішнього Тянь-Шаню. На більш сухих схилах і на півдні країни в цій смузі ростуть арчові лісу, змінювані рідколіссям. На схилах Чаткальского і Ферганського хребтів на висотах 1500-2800 м знаходяться найбільші в світі масиви природних горіхоплідних лісів (волоський горіх, алича, яблуня, слива). З 3000 м починаються низькотравні альпійські луки, що з висотою поступово рідшають. Вище 4000 м розташований т. н. нівальний пояс, складений льодовиками, осипами і голими скелями, позбавленими рослинності. Сільськогосподарські угіддя займають 54% території (ріллі - 7%, пасовища - 47%), ліси - 5,3%. У горах водяться манул, сніжний барс, архар, реліктовий ховрашок; з птахів - улар, альпійська галка, беркут, Сапсан та ін У Киргизії створено понад 60 заказників і кілька заповідників (Сари-Челекскій біосферний, Беш-Аральський, Іссик-Кульський) і природний національний парк «Ала-Арча».
