Середньорічна температура повітря на узбережжі Індійського океану досягає +27 ° С. Навесні тут випадає до половини річної кількості опадів (понад 1000 мм). На внутрішніх нагорьях, де річні суми опадів коливаються від 1000 до 1800 мм, висоти значно знижують температуру повітря: в самий прохолодний місяць (серпень) до +18 ° С, у самий теплий (березень) до 21 ° С. У зимовий період вночі температура нерідко опускається нижче +10 ° С, а в горах вище 3500 м іноді спостерігається сніг. На високих рівнинах в районі оз. Вікторія панує вологий, жаркий, типово екваторіальний клімат. Середня температура повітря становить бл. +24 ° С, а річна сума опадів - бл. 1300 мм. У міру віддалення від узбережжя (на схід, північ і захід від Центральних нагорій) опадів стає все менше: на захід від оз. Рудольф, середньорічний при температурі +29 ° С, випадає всього 166 мм.

Найбільша ріка країни - Тана (бл. 750 км) починається на хребті Абердер і тече до Індійського океану. Найбільш значні з озер розташовані в улоговинах Східно-Африканського розлому. Найбільше з них - солоне оз. Рудольф площею 6,4 тис. кв. км і прісні Барінго і Наіваша. Важливу роль у господарстві Кенії грає оз. Вікторія, на береги якого виходить західний кордон країни.

Всю північну і східну частину Кенії займають савани. Найбільші площі зайняті пустельні саваною, що переходить у районі оз. Рудольф в напівпустелю, а на півдні - у типову савану. Вологі тропічні ліси, що збереглися лише на навітряних схилах високих гір у центральній частині країни, займають не більше 0,5% її території. Прибережна смуга зайнята полулістопаднимі тропічними лісами, а на самому узбережжі - мангровими заростями. У горах широко поширені хвойні тропічні ліси з ялівцю стрункого і піді-Карпус. Всього ліси покривають ок. 2% площі країни, рілля - бл. 7% території (переважно в південній і центральній частинах країни). Посушливі північні території здавна служать природними пасовищами для екстенсивного кочового скотарства (37% площі). У свідомості туристів образ Кенії нерозривно пов'язаний з живуть в ній тваринами: незліченними стадами антилоп, зебр, жирафів, буйволів; поширені в багатьох національних парках (їх на території країни більше 20). У Кенії багато також слонів, носорогів, бегемотів, львів, леопардів, гепардів, Каракали, гієн, шакалів. У національному парку оз. Накуру знаходиться найбільше у світі гнездовье рожевих фламінго (до 1,5 млн птахів).