Клімат субтропічний середземноморський, з жарким сухим літом і відносно м'якою зимою. Максимальні літні температури можуть в гірських районах досягати 37 ° С і навіть 49 ° С. Взимку в піднесених районах (в Єрусалимі і Верхній Галілеї) температури опускаються нижче 0 ° С і нерідко бувають снігопади. Мінімум опадів припадає на літо, що триває з травня до середини жовтня. Дощовий сезон починається з середини жовтня, проте велика частина опадів випадає з грудня по березень. Багато опадів випадає на середземноморському узбережжі (в Тель-Авіві до 530 мм на рік) і в північних районах країни (у Верхній Галілеї до 1080 мм), найменше - в пустелі Негев і на крайньому півдні (в районі Ейлата тільки 20 мм).
Найбільша ріка країни - Йордан (105 км) тече з півночі на південь через Тиверіадське озеро та впадає в Мертве море. Інші річки короткі і влітку пересихають. Є озера: прісне Тиверіадське в горах Галілеї (довж. 21 км, шир. 12 км) і унікальне безстічне солоне - Мертве море (довж. 75 км, шир. До 17 км), яка перевершує всі озера світу за щільністю і солоності води ( 28-32%). Від браку прісної води страждають багато районів країни. Тому в Ізраїлі створена велика мережа штучного зрошення. Водопостачання здійснюється з підземних джерел на Західному березі, а також з річок Йордан та Яр-кін. Крім того, застосовуються економічні методи використання та заощадження водних ресурсів за допомогою електронних приладів. У 1964 р. введено в експлуатацію Всеізраїльського водовід дл. 130 км, вода за яким з Тиверіадського озера надходить за системою трубопроводів у всі райони країни.