Клімат субтропічний континентальний, аридний і полуарідний; на півдні - тропічний континентальний. Влітку дуже спекотно (до +50 ° С), на півночі, заході і в горах - прохолодніше. Середня температура січня в Тегерані 2 ° С, липня +32 ° С. Взимку на півночі випадає сніг. У північній частині Загроса випадає до 2000 мм опадів, уздовж узбережжя Каспійського моря - 1300-1650 мм, на сході і півдні 130-250 мм на рік. Найбільше їх випадає взимку і навесні. Влітку часті посухи, пилові та піщані бурі.
Річки течуть до Перської затоки і Каспійське море, деякі - в безстічні солоні озера Урмія і Немек. Найпротяжніша серед них - р. Карун (890 км). Іран лежить на березі Каспійського моря - найбільшого в світі озера. Другим за величиною є солоне оз. Урмія.

Переважає степова і напівпустельна рослинність. 8% території покрито лісами (дуб, в'яз, ялівець в Загрос і Кухруде; вологі субтропічні ліси на північних схилах Ельбурса). 23% зайнято пустелями: найбільші знаходяться на сході - Ель-Джуф ( «Велика Соляна») і Ель-Лут. На морському узбережжі Хузестанской рівнини є болота. Орні поля займають 14% території країни, 55% - пасовища. У пустелях зустрічаються джейран, онагр (дикі осли), гієни, вовки, в горах - ведмеді, леопарди, гепарди, барси. Для охорони дикої природи організовано 67 резерватів і 9 національних парків: оз. Урмія (у списку ЮНЕСКО; охороняються фламінго), Мехрох (чорні ведмеді), Тандурех (кам'яні козли, леопарди) та ін