Клімат субекваторіальний і екваторіальний мусонний. Середньомісячні температури +25 ... +27 ° С цілий рік. Кількість опадів на низовинах - від 1000 мм, в горах - 4000-6000 мм. На південному сході їх кількість зменшується до 800 мм (о. Сумба). Сильні тропічні дощі йдуть на заході Суматри, північно-заході Калімантан, заході Яви і в Західному Іріане. Більш посушливі о. Сумба, о. Тимор і деякі райони Сулавесі. Тайфуни бувають тільки на о. Тимор.
Річки багатоводні, особливо в дощовий сезон, і несуть велику кількість мулу. Найбільші - Муси на Суматрі, Соло на Яві, Капуас на Калімантані, Валонай на Сулавесі. Є озера на Суматрі (Тоба у вулканічному конусі, на вис. 800 м), Сулавесі, Калімантані.

Лісами зайнято 62% території (10% площі світових тропічних лісів). Переважають вологі вічнозелені (на заході) і листопадні (на південному сході) тропічні ліси. Багато квітучих рослин (орхідеї, гібіскуси, жасмин, раффлезія). У найбільш сухих районах на сході Яви і в міжгірських пониженнях Суматри поширені савани. На низовинах і в нижньогірський поясі ліси складаються з пальм, дерево тика, фікусів, бамбука, деревовидних папороті, ліан; в поясі 1500-2600 м - субтропічні ліси з лаврів, вічнозелених дубів, сосни; вище 2600 м - чагарники і луки. На сході Суматри, півдні Калімантан і в провінції Іріан-Джай (о. Нова Гвінея), північній низовини Яви є болота і мангрові зарості. Оброблені землі займають бл. 17% площі країни, пасовища - 7%. У лісах водяться мавпи (гібони, орангутани, макаки), тигри, леопарди, однорогі і дворогі носороги, бики бантенг, малайські ведмеді, яванська павичі. У країні організовано 20 національних парків, у т. ч. вулкани Лесер на Суматрі, Уджункулонг на Яві, Балі Барат на Балі.