Климат тропічний,в горах - помірний. Дощовий сезон триває з травня по жовтень. На узбережжі Карибського моря часті урагани (самий руйнівний останнім часом був у 1998 р.), тропічні зливи, повені та зсуви. Бувають невеликі, але часті землетруси.
Річки течуть в Атлантичний (Улуа, агуа, Патук, Коко) і Тихий (Чолутека) океани. Озеро Йохо - головне джерело прісної води.

Ліси (на сході - мангрові і пальмові, на півночі в горах - соснові та дубові) займають 37% території: вони були сильно вирубані в 19-20 ст. Сільськогосподарськими землями зайнято бл. 30% площі країни (17% - рілля, 13% - пасовища і сінокоси). У лісах багато ягуарів і папуг, один з видів яких - Гуар роха (червоний папуга ара) - є національним символом. Національні парки: лісові гірські Ла-Тигра, Ла-Мураль, Селак та ін Біосферний заповідник Ріо-Платан (долина річки в районі Москітового берега).