Клімат субекваторіальний пасатної-мусонний (більш вологий на півдні до +32 ... +38 ° С влітку). Сухий сезон - з жовтня по травень. Північні райони і Карибське узбережжя схильні до ураганів і тропічних злив.
Річки Мотагуа, Полочік, Усумасінта течуть у Карибське море, а невеликі річки Пас, Лос-Есклавос, Наранхо и др. - в Тихий океан. Багато озер - Ісабаль, Петен-Іца, Тигре та ін

На крайньому півдні і півночі - савани, в горах на північному сході - вологі тропічні ліси, які займають 53,6% території країни. Сільськогосподарські землі займають 42% площі, 18% - ріллі і майже 25% - пасовища і сінокоси. У країні 11 національних парків та заповідників.