Клімат помірний, перехідний від морського (уздовж узбережжя) до помірно континентального (на сході та південному сході). Середня температура січня -18 ° С, липня +21 ° С. Зима м'яка, літо тепле.

Випадає 550-700 мм опадів у рік. Територія Естонії вкрита густою мережею невеликих річок, серед яких виділяються Емайигі, Нарва, Пярну, Казарі. Багато озер (1150), найбільшими з яких є Пейпсі (Чудское; 3555 кв. Км). На о. Сааремаа розташоване оз. Каалі метеоритного походження.

40% території покрито лісами: ялиновими, сосновими, змішаними. Багато лугів. 22% території займають болота (їх 11 800). Оброблені землі займають 26% площі країни, пасовища - 7%. Живуть лось, козуля, кабан, вовк, видра, заєць-русак, лисиця, рись, 335 видів птахів.