Клімат країни екваторіальний, постійно вологий. Середньомісячні температури на рівнинах коливаються протягом року в дуже вузьких межах - від +24 ° С до +28 ° С. Тільки на вершинах високих гір о. Сур температура може опускатися до +4 ° С. Середньорічна кількість опадів становить бл. 2000 мм, а на навітряних схилах островів може досягати 3000 мм.

Континентальна частина країни володіє розвиненою річковою мережею. Найважливішою річкою є Мбіні (до 1973 р. Беніто). Ця повноводна ріка використовується для лісосплаву, однак з-за порогів судноплавна лише у своїй устьевой частини.