Практично на всій території Єгипту, за винятком вузької прибережної смуги на півночі, панує тропічний континентальний клімат. Середньорічна температура на півночі в середземноморських субтропіках становить +20 ° С, у середній частині долини Нілу +22 ° С, а в південній (Асуан) +26 ° С. Особливістю клімату Єгипту є величезні добові коливання температури. У листопаді в Асуані вони доходять до 38 ° С, а в пустельних районах далеко від Нілу до 50 ° С. Найбільші середньодобові температури спостерігаються з липня по вересень (Каїр 28 ° С, Асуан 34 ° С). У цей період протягом 50 днів часто дме хамсин - гарячий південно-східний вітер, що несе безліч піску та пилу. При цьому температура повітря перевищує +40 ° С, а видимість знижується практично до нуля. Найбільш прохолодно в Єгипті в січні (Каїр ок. +10 ° С). Найбільше вологи випадає в дельті Нілу - 180 мм на рік, в Каїрі - 34 мм, в Асуані - всього 3 мм. Дощі в основному випадають у вигляді короткочасних злив, так що волога не встигає просочити грунт.
Роль єдиною водної артерії Єгипту - Ніла (сучасна арабська назва Ель-Бахр) - важко переоцінити. Ця одна з найдовших річок в світі (6671 км) не тільки колиска древньої єгипетської цивілізації. Ніл і сьогодні залишається фактично єдиним джерелом водопостачання країни, в його долині проводиться левова частка сільськогосподарської продукції, а перегородивши його Асуанська гребля - головне джерело електроенергії. Ніл несе свої води через всю територію Єгипту. У величезній дельті (пл. 24 тис. кв. Км) безліч рукавів та озер, головними судноплавними рукавами є Думьят і Рашид. У пониззі від Нілу відходить кілька каналів (Ібрахіма, Юсуф і ін), що живлять оазиси і забезпечують прісною водою віддалені від ріки регіони. У межах Єгипту паводки на річці спостерігаються в літньо-осінній сезон.
Кліматичні умови зумовили бідність рослинності Єгипту. У кам'янистих і глинистих пустелях ростуть одноклітинні водорості та лишайники; піщані пустелі покриті рідкими чагарниковими акаціями і деякими іншими ксерофітними рослинами і ефемерам (вилазять з-під землі лише в зимовий період, коли випадає практично 100% опадів). У долині і дельті Нілу природної рослинності практично не збереглося: за тисячоліття вона була повністю витіснена поливним землеробством. Тут зосереджена практично вся рілля країни, що становить бл. 30 тис. кв. км (3% площі). Абсолютно вся рілля той чи інший спосіб зрошується. Ліси, точніше штучні лісонасадження, покривають лише 0,03% території країни.