Середня температура на узбережжі в січні +22 ° С, в липні +28 ° С (максимальна +38 ° С); в горах температури нижче. Випадає до 1380 мм опадів у рік. Зима суха і сонячна (листопад-квітень), сезон дощів - з травня по жовтень. У серпні-жовтні бувають сильні урагани, які викликають повені. Бувають також і посухи. З гір стікає 563 коротких річки, найдовші з яких - Каут (343 км) і Сагуа-ла-Гранде (163 км). У горах багато водоспадів (особливо на р. Ганабанілья). У гирлах деяких річок - болота, уздовж південного узбережжя острова багато мангрових боліт (особливо болотистий п-ів Салата).

Площа під лісами скоротилася в останні століття з 50 до 21%. Вічнозелені і листопадні види тропічних лісів (у т. ч. ебенове, червоне, гуаяковое, кампешевое дерева та евкаліпти) ростуть на схилах гір і рівнинах (королівська пальма, канни), соснові ліси - на крайньому південно-сході і заході. Королівська пальма - національний символ країни. У деяких долинах річок - злакова саванного рослинність. На південно-східному узбережжі переважають мелколистная чагарники, кактуси, агави, на морських узбережжях південного берега - мангрові лісу. Орні землі і плантації займають бл. 30% території острова, пасовища - 27%. Для охорони дикої природи організовано 6 біосферних заповідників і 6 національних парків: Гуанаакабібес (мангрові зарості, акули, морські черепахи), Сьенага-де-Сапата (мангрові лісу, птахи, крокодили, ламантини), Сьєрра-Маестра (гори, «захмарні лісу» ), Алехандро-де-Гумбольдт (мангрові лісу, ламантини) та ін