Клімат Коморських островів жаркий і вологий: середні температури самого холодного і самого теплого місяців коливаються в межах від +24 до +27 ° С, а середньорічна кількість опадів (в залежності від положення схилів - навітряного або підвітряного) змінюється від 1100 до 3000 мм . Проте на островах не вистачає якісної прісної води: пористі вулканічні породи легко пропускають дощову вологу, не дозволяючи утворитися ні постійним водотоках, ні джерелам. Лише невеликі озера в кратерах сплячих вулканів і в западинах базальтових плато служать місцевим жителям природними резервуарами питної води.

Ізольоване положення Коморських островів зумовило своєрідність їх тваринного і рослинного світу з великою кількістю ендемічних видів і реліктів. Навітряні схили вулканів покриті реліктовими тропічними лісами з деревовидними папороттю, хвощами і плавунами, перевитими ліанами і обвішаний епіфітом. Основними мешканцями цих лісів є різні комахи і павукоподібні, в т. ч. і скорпіон, і величезні багатоніжки. З ссавців для островів характерні лемури, тенрекі (щетинистий їжаки), кажани, кабани; з хижаків - різні віверровис. У 1938 р. в прибережних водах Коморських островів була випадково виловлена величезна реліктова кістеперая риба із загону целакантообразних. Це стало одним з найбільших зоологічних відкриттів 20 ст., Тому що всі кістеперие риби вважалися вимерлими ще 100 млн років тому. Було виловлено ще більше 40 прим. Целакант. На ім'я міс Латімер, директора музею, випадково знайшла 2-метрову «жива копалина» в загальному видобутку риболовецького судна, рибу назвали латимерія. Великі площі займають на островах сільськогосподарські угіддя. Рілля займає цілих 35% площі архіпелагу, а ще бл. 18% зайнято багаторічними плантаціями.