Клімат на півночі - субекваторіальний, на півдні - екваторіальний. Середньорічна температура на низовинах та в передгір'ях 23 ... +29 ° С. У горах з висотою вона поступово знижується до 15 ° С. Найбільша кількість опадів випадає на Тихоокеанської низовини і західних схилах Західної Кордильєри (до 10 тис. мм). На схід від Анд кількість опадів зменшується до 3000 мм. Для екваторіального клімату характерні два періоди - сухий (Віра) і вологий (інвьерно). На півдні в Андах спостерігаються два сухих і вологих два сезони, в центрі - по одному. На півночі часті посухи, а кількість опадів доходить до 150-200 мм на рік. Рясні опади в горах випадають у вигляді снігу.
Між трьома Кордильєрами з півдня на північ течуть дві головні річки - Магдалена (1538 км) та її приток Каука (1350 м). З Східної Кордильєри на схід стікають річки Оріноко басейнів і Амазонки. У горах Східної Кордильєри є тектонічні й вулканічні озера (Тота, Магдалена, Коча).