Найбільша ріка країни - Меконг. У межах Камбоджі знаходиться її 500-кілометровий відрізок. Після літніх розливів Меконг залишає на полях шар родючого мулу; ріка дає рибу - одну з найважливіших складових раціону камбоджійців. Рівень Меконгу в період повені підвищується на 7-9 м, річка виходить з берегів, заливаючи западини і улоговини центральних низовин, а потім вода спрямовується вгору за течією р.. Сап в оз. Сап. Площа озера збільшується при цьому в три рази, а глибина в 7 разів. У сухий сезон оз. Сап назад віддає воду Меконгу.
Майже 70% території країни покрито лісами. У гірських районах вічнозелені вологі тропічні ліси. У них зростає багато цінних порід дерев - сал, палісандр, червоне, сандалове. На Центральному плато - окремі масиви змішаних хвойно-широколистяних лісів. Вздовж узбережжя тягнеться смуга мангрових заростей. Значна частина Камбоджі покрита світлими мусонними листопадними лісами і вторинними високотравними саванами. У лісах зустрічається безліч мавп; водяться тигри, леопарди, ведмеді, дикі кішки, мангусти, водяні бики та кабани. У ряді районів збереглися стада диких слонів. Загальна площа ріллі досягає 14% від усієї території країни, пасовища займають 11%.