Климат країни субекваторіальний, з вологим літом. Середньорічна температура ок. +20 ... +25 ° С, річна сума опадів складає від 1000-1200 мм у центральних районах країни до приблизно 1400 мм на узбережжі оз. Танганьїка. Однак більша частина дощів випадає в особливо спекотні місяці, коли волога швидко випаровується, тому для Бурунді вельми актуальною залишається проблема водопостачання. Найбільший водойму - оз. Танганьїка, значення якого для країни важко переоцінити. Воно являє собою зручний транспортний шлях як до сусідніх Республіки Конго і Танзанії, так і до Атлантичного (через Калеміе - порт Республіки Конго) і Індійського (через танзанійський порт Кігома) океанах. На основі рибних ресурсів озера в країні розвинене рибальство, а на узбережжі створені невеликі переробні підприємства. Три великі річки країни - Рузізі, Рувуву і Малагарасі - служать як для водопостачання, так і транспортними шляхами, а численні невеликі порожисті несудноплавних річки - найважливішим джерелом енергії (99,4% електроенергії Бурунді виробляється на ГЕС). Торф'яні болота на півночі країни живлять річки Казумо і Аканьятеу.