Клімат Ботсвани істотно розрізняється в північній і південній частинах країни. На півночі переважає тропічний клімат, на півдні - сухий субтропічний з вираженими рисами континентальності. Середня температура січня +25 ° С, липня + 16 ° С. При цьому добові амплітуди температур досягають 22 ° С, а на півдні країни в зимовий період бувають нічні заморозки. Кількість опадів на півночі країни досягає 700 мм на рік, а на півдні - не більше 250 мм. Річки на більшій частині Калахарі пересихають в суху пору року, що триває фактично 9 місяців - з березня по листопад; пониззя багатьох з них перетворюються в ланцюзі солоних озер. Сама значна річка Ботсвани - Окаванго - протікає на півночі країни. Що не має стоку в океан, вона утворює на території країни величезну внутрішню дельту, що представляє собою практично єдиний на території Ботсвани вологий заболочений район пл. до 40 тис. кв. км. Один з рукавів внутрішньої дельти впадає в озеро. Нгамі; інший, протікаючи по глибокому каньйону далеко на схід, живить мілководне озеро-болото Макгадікгаді, постійно міняє свої обриси. Води Окаванго в багатьох місцях, просочуючись крізь пухкі породи, течуть сотні кілометрів під землею, щоб потім знову вийти на поверхню у вигляді джерел або просочується в пониженнях, які називаються тут «Пен». На південному сході країни течуть води приток р.. Лімпопо.