На півдні переважає теплий (влітку до +30 ° С) середземноморський клімат, в горах (вище 1700 м) - альпійський, на північній рівнині - помірно континентальний. Кількість опадів на півночі сягає 600-800 мм, в горах до 2500 мм. У горах сніг може лежати до початку літа. Найбільші річки: Сава на півночі, Уна на заході і Дріна на сході. На річках багато водоспадів, у т. ч. Студений (400 м) - найвищий на Балканах - падає в глибокий каньйон Ракітніца.

Ліси покривають 36% території країни. В горах і передгір'ях переважають букові та хвойні ліси (сосна, ялина), на крайньому півдні - субтропічна (вічнозелені чагарники), а на рівнині - степова і лісостепова рослинність. Орні поля займають бл. 20% території, пасовища - 22%. Національні природні парки та заповідники: Хутово Блат (перелітні птахи), Сутьейска (дикий ліс Перучіца з соснами вис. До 54 м), Козара (хвойні ліси) та ін