Клімат тут відносно м'який, що змінюється залежно від висоти над рівнем моря від субтропічного до помірного (середні температури липня +17 ° С, січня -4,5 ° С), опадів випадає ок. 1500 мм. У поясі південних низовин (найменша вис. 97 м) клімат жаркий і дуже вологий, опадів випадає 2000-5000 мм на рік. У високогірних районах навіть влітку стоїть холодна і суха погода, а опади (бл. 500 мм на рік) випадають головним чином взимку у вигляді снігу. Бутан багатий поверхневими водами: саме в його горах беруть початок багато праві притоки Брахмапутри (Чінча, Санкош, Дангме та ін.)

До 2 / 3 території країни покрито гірськими лісами, вище 3500 м їх змінюють альпійські луки, що використовуються як пасовища. Високогір'я зайняті скелями і вічними снігами. На півдні країни (в дуарах) панує тропічна флора з переважанням різних пальм, гігантського бамбука, семаля, кхаіра (вид акації). Тут можна зустріти слонів, носорогів, диких биків, тигрів, леопардів, пантер.