Клімат тропічний Бахрейну. Середня температура січня +16 ° С, липня +37 ° С. Річна кількість опадів рідко перевищує 90-100 мм. Влітку часто бувають пилові та піщані бурі. Велику частину країни займають піщані та кам'янисті пустелі з рідкими оазисами. Площа ріллі, 100% якої зрошується, досягла на сьогоднішній день 4,3% від загальної площі архіпелагу.

Фауна прибережних вод архіпелагу дуже багата. Вона включає бл. 400 видів риб, різні види молюсків (в т. ч. і перлові скойки). Коралові рифи багаті креветками, омарами, крабами. Самих коралових поліпів налічують до 2000 видів. Сьогодні побоювання уряду країни викликають часті розливи нафти, що призводять до загибелі коралів і завдають значної шкоди морській фауні країни.