Клімат субтропічний, посушливий, континентальний. На рівнинах температура січня від 0 до 8 ° С, липня - до +30 ° С. У високогір'ях (2500-4000 м) вона знижується взимку до -20 ° С, влітку до +10 ° С. Кількість опадів на заході менше 200 мм / рік, на схід поступово зростає до 800 мм. Головні річки - Амудар'я, Кабул і належать безстічних басейнів Середньої Азії і Іранського нагір'я Гері-руд, Гільменд, Мургаб.

До вис. 1500-1800 м переважає пустельна і напівпустельна рослинність (полину, солянки, астрагал, верблюжа колючка, саксаул). На схилах гір до вис. 2200-2500 м - рідколісся (Арча, фісташка) і сухі степи (полину, злаки). Вище 2500 м степова рослинність, на південному сході в горах (2000-3400 м) - справжні ліси (дубові, з висотою змінювані хвойними, ялицево-смерековими і гімалайський кедр); вздовж річок - тугайні рослинність і оазиси. За наявними оцінками орні землі (чеки) складають бл. 12% території країни, пасовища - 46%, ліси бл. 2%. У горах і пустелях водяться дикі барани, козли, джейран, кабани, віслюки-кулани, вовки, гієни, леопарди.